1号展览厅 - 历代防务建置

本展厅叙述历代王朝统治下的香港海防建置，包括唐朝以来屯门的防务角色；宋帝昰及宋帝昺南逃来港事迹；元代驻军的情况；以及明、清两朝的一些香港海防工事。
 

2号展览厅 - 不平等条约与香港割占

我们将带领你穿越19世纪的香港，在列强侵华的背景下，英国通过战争手段，分三个阶段夺取香港岛、九龙半岛和昂船洲，以及新界和离岛，即今日「香港」的范围。
 

3号展览厅 - 军事布局

本展厅叙述一个多世纪以来英国在香港的防卫布局，包括开埠初年的军事建置、香港对维持英国远东利益的重要性、19世纪末至20世纪初海岸炮台的变化、英国应对日本入侵的准备工作，以及二战后为巩固香港防务而作出的安排。
 

4号展览厅 - 海港设施

香港扼守珠江口，是往东南海域必经之地，英军觊觎香港的海上战略价值，把香港发展成海军基地。本展厅将阐述相关历史背景，并介绍长期靠泊在维多利亚港内的医疗船和基地船、为舰艇提供维修和补给的船坞，以及介绍曾到访香港的著名军舰等。

5号展览厅 - 义勇军

本展厅回顾义勇军于1854年初创至1995年解散期间的故事，探究义勇军的起源、任务、贡献，以及义勇军传承的团队精神。

6号展览厅 - 多元族裔的军人

本展厅将介绍一个由英国人、华人、印度人和尼泊尔人等多个族裔共同驻守香港的时代，透过军事历史文物、档案及个人轶事等诉说多元族裔驻军的故事。

7号展览厅 - 声影说抗战

1931年的九一八事变，揭开了中国人民抗日战争的序幕；港人以各种方式支援抗战，东江纵队港九独立大队奋力抗击侵略者，迎来最后胜利。本展厅透过多媒体展品，以声影诉说侵华历史和香港在抗日战争的历程，向抗日英烈致敬。

8号展览厅 - 日军侵华．携手抗敌

自1930年代初起，日本军国主义者加紧侵略中国，终至1937年发动全面战争；1938年广州沦陷，香港面对日军随时南下的威胁。1939年欧战爆发，香港在1941年12月失守前，仍为战事作出不少贡献。

9号展览厅 - 日军侵港

本展厅将环绕香港在1941年香港保卫战爆发前的备战状态、保卫战的经过，以及战俘的遭遇。

10号展览厅 - 抗日游击队与敌后活动

本展览厅讲述日占时期香港的地下抵抗活动，以及盟军反攻香港的过程；从中了解香港作为敌后战场的重要性。

11号展览厅 - 中国人民解放军驻香港部队

本展厅介绍中国人民解放军驻香港部队（驻香港部队）。自1997年7月起，驻香港部队从英军接管香港的军事设施，成为香港的驻军。

上层展览厅 - 明清粤港海防工事

香港三面环海，位于珠江口东侧，地理位置险要，是广东海防系统的重要组成部分。因此，明清两代政府都在粤港地区建立了多处海防工事，并派遣战船巡防，以防范海盗侵扰和列强的威胁。

鲤鱼门砲台展览厅

本展厅介绍于1887年在鲤鱼门海峡建成的海岸炮台的故事，包括探讨英军在此处兴建要塞的原因、守军的生活点滴，以及炮台于1941年被日军侵袭的经历，以及战后发展至现今已改建为香港抗战及海防博物馆。